Thèse
Les régimes matrimoniaux en Provence à la fin de l'ancien régime : contribution à l'étude du droit et de la pratique notariale en pays de droit écrit. Thèse soutenue en 2005 à Aix-Marseille 3, sous la direction de Marc Péna et de Éric Gasparini.
Ouvrages
Jean-Philippe Agresti (dir.), Droit et civilisation en Méditerranée : Vers une culture juridique commune 10es Assises de l'École doctorale des juristes méditerranéens du 3 au 5 octobre 2018, Presses Universitaires d' Aix-Marseille, 2021, Droits, pouvoirs et sociétés, 84 p. 
Jean-Philippe Agresti et Éric Gasparini (dir.), Repenser la démocratie et ses formes d'expression : journée des doctorants du 7 juin 2019, Presses Universitaires d'Aix-Marseille, 2021, Droits, pouvoirs & sociétés, 158 p. 
Jean-Philippe Agresti et Éric Gasparini (dir.), Les mutations de la justice : journée des Doctorants du 22 juin 2018, Presses Universitaires d'Aix-Marseille, 2020, Droits, pouvoirs & sociétés, 162 p. 
Jean-Philippe Agresti (dir.), Un universitaire entre droit et économie : mélanges offerts à Serge Schweitzer, Presses Universitaires d'Aix-Marseille, 2019, 431 p. 
Jean-Philippe Agresti (dir.), Le juge judiciaire face au contrôle de proportionnalité : actes du colloque du 19 mai 2017 co-organisé par la Faculté de droit et de science politique et la Cour d'appel d'Aix-en-Provence, avec le soutien de la Fédération de recherche Droits, Pouvoirs et Sociétés, Presses Universitaires d'Aix-Marseille, 2018, Droits, pouvoirs & sociétés, 168 p. 
Jean-Philippe Agresti, Emmanuel Putman et Caroline Siffrein-Blanc (dir.), Lien familial, lien obligationnel, lien social, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2014, Collection Inter-normes, 220 p. 
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Jean-Philippe Agresti et Hugo Bogo, Le curé du diable, Casterman, 2013, 62 p. 
Jean-Philippe Agresti, Emmanuel Putman et Caroline Siffrein-Blanc (dir.), Lien familial, lien obligationnel, lien social, Presses Universitaires d'Aix-Marseille, 2013, Collection Inter-normes, 239 p. 
Jean-Philippe Agresti, Emmanuel Putman et Caroline Siffrein-Blanc (dir.), Le droit patrimonial : miroir des mutations familiales [journée d'étude, 15 avril 2011, Aix-en-Provence], Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2012, Collection Inter-normes, 146 p. 
Jean-Philippe Agresti, Emmanuel Putman et Caroline Siffrein-Blanc (dir.), Les rapports parents-enfants en quête de repères : Journée d’études organisée à Aix-en-Provence le 1er avril 2010, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2011, Collection Droit et religions, 129 p. 
Jean-Philippe Agresti, Les régimes matrimoniaux en Provence à la fin de l'Ancien régime : contribution à l'étude du droit et de la pratique notariale en pays de droit écrit, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2009, Collection d'histoire du droit, 590 p. 
Articles
Jean-Philippe Agresti, « L'intérêt de l'enfant: entre mythe et réalité », in Anne-Claire Réglier, Caroline Siffrein-Blanc (dir.), Intérêt de l'enfant: mythe ou réalité ?, Institut Universitaire Varenne, 2018, p. NC
Jean-Philippe Agresti et Gilles David, « Les outils de prévention et de résolution des différends : du creuset commercial à l'affirmation de la médiation (XV-XVIIIème siècles) », in Virginie Mercier (dir.), RSE et médiation regard croisé France-Canada, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2018, p. NC
Jean-Philippe Agresti, « La place des coutumes parmi les autres sources du droit dans les écrits provençaux des XVIIe et XVIIIe siècles : Jean-Baptiste Reboul (1640-1719) et Jean-Joseph Julien (1704-1789) », in Presses de l'Université Toulouse 1 Capitole (dir.), Les décisionnaires et la coutume : contribution à la fabrique de la norme, Presses de l'Université Toulouse 1 Capitole, 2017, p. 365
Jean-Philippe Agresti, « Régimes de communauté versus régime dotal : regard historique », in Presses universitaires d'Aix-Marseille (dir.), 1965-1985-2015 : Cinquante ans de droit des régimes matrimoniaux. Bilan et perspective, Aix-en-Provence, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2017, p. NC
Jean-Philippe Agresti et Eric Gasparini, « La conciliation de l’hostilité au divorce et de son nécessaire maintien dans la pensée de Portalis », Pensée politique et famille, Aix-en-Provence, PUAM, 2016, pp. 327-340
Jean-Philippe Agresti, Marion Prats, Marjorie Kerzoncuf, Laurent Bensoussan, Béatrice Delorge, Jean-Michel Viton et Alain Delarque, « A census of students with disabilities and the support provided at the University of Aix-Marseille », International Journal of Rehabilitation Research, N° 3, 2015, pp. 195 - 198