Thèse
Santé et commerce international : contribution à l'étude de la protection des valeurs non marchandes par le droit du commerce international. Thèse soutenue en 2004 à Dijon, sous la direction de Éric Loquin.
Ouvrages
Clotilde Jourdain-Fortier, Mathieu Guerriaud et Isabelle Moine-Dupuis (dir.), Le droit des affaires pharmaceutiques : vers la caractérisation d'une Lex Pharmaceutica ? [actes de colloque, Dijon], CREDIMI, 2020, Travaux du Centre de recherche sur le droit des marchés et des investissements internationaux, 200 p. 
Clotilde Jourdain-Fortier (dir.), Sources du droit, commerce international, éthique et marchés : 50 ans de travaux de l'école de Dijon [actes du colloque, Dijon, décembre 2018], CREDIMI, 2019, Travaux du Centre de recherche sur le droit des marchés et des investissements internationaux, 205 p.
Clotilde Jourdain-Fortier et Marc Mignot (dir.), Analyse comparée du droit français réformé des contrats et des règles matérielles du commerce international, LexisNexis, Éditions du juris-Classeur, 2016, Travaux du Centre de recherche sur le droit des marchés et des investissements internationaux, 564 p.
Clotilde Jourdain-Fortier, Hans-Wolfgang Micklitz et B. van Leeuwen, L'indemnisation des victimes de produits de santé défectueux en Europe : l' affaire PIP, De Boeck, 2015, 122 p.
Clotilde Jourdain-Fortier et Isabelle Moine-Dupuis (dir.), La contrefaçon de médicaments : les premiers pas d'une réaction normative internationale actes du colloque du 15 juin 2012, Dijon, LexisNexis, 2013, Travaux du Centre de recherche sur le droit des marchés et des investissements internationaux, 192 p.
Clotilde Jourdain-Fortier et Isabelle Moine-Dupuis (dir.), Les pratiques de l'industrie pharmaceutique au regard du droit de la concurrence : actes du colloque du 12 mars 2010, Dijon, Litec, 2010, Travaux du Centre de recherche sur le droit des marchés et des investissements internationaux, 217 p.
Voir plus
Clotilde Jourdain-Fortier, Santé et commerce international : contribution à l'étude de la protection des valeurs non marchandes par le droit du commerce international, LexisNexis Litec, 2006, Travaux du Centre de recherche sur le droit des marchés et des investissements internationaux, 699 p.
Articles
Clotilde Jourdain-Fortier et Valérie Pironon, « La sécurité alimentaire dans le droit de l'OMC - Analyse critique et prospective », in François Collart Dutilleul (dir.), Penser une démocratie alimentaire (vol. I), Inida (Costa Rica), 2013, p. 255
Clotilde Jourdain-Fortier, « Chronique commentée du règlement des différends de l'OMC", en collaboration avec W. Abdelgawad et I. Moine-Dupuis », Revue Internationale de Droit Economique, 2009, pp. 465-501
Clotilde Jourdain-Fortier, « Chronique du règlement des différends de l'OMC (2006-2008), en collaboration avec W. Abdelgawad et I. Moine-Dupuis », Revue Internationale de Droit Economique, 2008, pp. 357-393
