Thèse
La transaction pénale du XIIème au XVème siècle : étude de droit savant, de législation et de coutume. Thèse soutenue en 2009 à Strasbourg, sous la direction de Yves Jeanclos.
Ouvrages
Raphaël Eckert et Thomas Boullu (dir.), Les violences sexuelles dans l'église : retour sur les travaux de la CIASE, Presses Universitaires de Strasbourg, 2023, 201 p. 
Raphaël Eckert et Jeanne-Marie Tuffery-Andrieu (dir.), Le travail en prison : mise en perspective d'une problématique contemporaine [colloque, 7 et 8 janvier 2014, Strasbourg, Presses universitaires de Strasbourg, 2015, Droit de l'entreprise, 238 p.
Articles
Raphaël Eckert et Marie Bassano, « Langue du droit et sociabilité dans la doctrine savante médiévale (XIIe-XIVe siècles) », Philosophical Readings, Chiara Colombo, N° 1, 2020
Raphaël Eckert, « Juger ailleurs, juger autrement - « Entre peine publique et pacification : le règlement des différends pénaux à la fin du Moyen Âge (XIIIe-XVe siècles) » », Les Cahiers de la justice, N° 4, 2010, p. 89 
Autre
Raphaël Eckert et Caroline Kleiner, Préface de "La coexistence des droits, La coexistence des droits, Mare & Martin, p. NC
