Thèse
La capacité pénale. Thèse soutenue en 2011 à Bordeaux 4, sous la direction de Philippe Conte.
Ouvrages
Clément Margaine, La capacité pénale, [s.n.], 2011, 516 p. 
Clément Margaine, La dimension éducative des mesures applicables au mineur délinquant, 2004, 86 p.
Articles
Clément Margaine, « (Nouvelles ?) précisions sur la délivrance d'un mandat d'arrêt contre une personne domiciliée à l'étranger », Actualité juridique Pénal, N° 9, 2022, p. 439 
Clément Margaine, « Libération conditionnelle-expulsion : autonomie ou rattachement au droit commun, telle est (encore) la question… », Actualité juridique Pénal, N° 7, 2021, p. 380
Clément Margaine, « Articulation des règles spéciales en matière de libération conditionnelle ou la consécration du principe specialia specialibus cumulant », Actualité juridique Pénal, N° 6, 2021, p. 331
Clément Margaine, « Précisions sur l'office du juge judiciaire en matière d'appréciation du caractère indigne des conditions de détention », Actualité juridique Pénal, N° 1, 2021, p. 41
Clément Margaine, « Le régime d’application des peines des djihadistes », Revue pénitentiaire et de droit pénal, N° 1, 2018, p. NC
Clément Margaine, « Le volet pénal de la future loi de programmation de la Justice : entre recherche de sens et d’efficacité », Revue pénitentiaire et de droit pénal, N° 1, 2018, p. NC
Voir plus
Clément Margaine, « Retour de l'inceste dans le code pénal et extension de la protection du mineur victime », Recueil Dalloz, N° 19, 2016, p. 1089
Clément Margaine, « Inapplicabilité du principe de non-rétroactivité des peines aux mesures de sûreté prononcées à l'égard d'une personne reconnue pénalement irresponsable », Actualité juridique Pénal, N° 12, 2015, p. 599
Clément Margaine, « La loi du 15 août 2014 et le milieu ouvert : vers un accroissement du contrôle des personnes condamnées », Actualité juridique Pénal, N° 10, 2014, p. 453
Clément Margaine, « Le maintien en détention d'un individu souffrant de troubles mentaux pendant plusieurs années est contraire à l'article 5 de la Convention européenne des droits de l'Homme », RDSS. Revue de droit sanitaire et social, N° 2, 2013, p. 245
Autre
Clément Margaine, Évelyne Bonis, Nicolas Derasse, Julie Alix, Yan Carpentier, Hélène Dantras-Bioy, Audrey Darsonville, Lucie Hernandez, Paul Mbanzoulou, Virginie Peltier, Mathilde Roose, Stephanie Rubi et Alexandre Zabalza, LES LONGUES PEINES, p. NC
