Thèse
Les emprunts publics de l’État. Thèse soutenue en 1982 à Université Panthéon-Sorbonne - Paris I, sous la direction de Pierre Lalumière, membres du jury : Paul-Marie Gaudemet, Pierre Lavigne, Philippe Manin et Jean-Jacques Bienvenu.

Ouvrages
François Colly, LES EMPRUNTS PUBLICS DE L'ETAT, [Éditeur inconnu], 1982
François Colly, Les Militaires et la vie politique de la IIIème République, 1972, 180 p. 
Articles
François Colly, « Périmètre et contenu de la notion de commande publique », in Vincent Bouhier, David Riccardi (dir.), L'exécution des contrats administratifs, Editions Le Moniteur, 2018, p. NC
François Colly, « Préface », in Vincent Bouhier, Norbert Foulquier, Frédéric Rolin (dir.), Théorie et pratique du droit public : hommage à Olivier Févrot, Editions La mémoire du droit, 2016, p. NC
François Colly, « Représentation et représentativité dans les Autorités administratives indépendantes », in Olivia Bui-Xuan (dir.), Représentation et représentativité dans les institutions, Institut universitaire Varenne, 2016, pp. 187-202
François Colly, « Quel juge est compétent pour engager la responsabilité de Voies Navigables de France ? », Actualité juridique Droit administratif, N° 19, 2006, p. 1040 
François Colly, « CEE et finances des collectivités locales », Actualité juridique Droit administratif, N° 12, 1991, p. 861 
François Colly, « Gaston Jèze et la théorie de l’emprunt public »
, Revue d'histoire des facultés de droit et de la culture juridique, du monde des juristes et du livre juridique, 1991, pp. 15-28
Voir plus
François Colly, « Un contrat conclu entre personnes publiques mais ne faisant naître que des rapports de droit privé relève de la compétence du juge judiciaire », Actualité juridique Droit administratif, N° 9, 1990, p. 614 
François Colly, « La distribution du gaz et les régies et sociétés d'économie mixte locales », Revue française de droit administratif, N° 4, 1990, p. 627 