Thèse
La rationalisation de l'organisation territoriale de la République.. Thèse soutenue en 2015 à Université de Bordeaux, sous la direction de Jean-François Brisson, membres du jury : Pascal Combeau [Président], Bertrand Faure [Rapporteur], Michel Verpeaux [Rapporteur] et Nicolas Kada.
Ouvrages
Mickaël Baubonne, Robert Carin et Anna Neyrat (dir.), Le contentieux universitaire et la modernité, Institut francophone pour la justice et la démocratie, 2019, Colloques & essais, 140 p. 
Mickaël Baubonne, Les instruments de la rationalisation de l'organisation territoriale décentralisée, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2018, Collectivités locales, 472 p.
Mickaël Baubonne, Les instruments juridiques de la rationalisation de l’organisation territoriale décentralisée, 2015, 509 p.
Mickaël Baubonne, La recomposition du territoire de la République : nécessité et faisabilité, [s.n.], 2009, 136 p.
Articles
Mickaël Baubonne, « Les risques de la participation des régions au choix de leur nom », Constitutions : revue de droit constitutionnel appliqué, N° 4, 2018, p. 611
Mickaël Baubonne, « Les schémas régionaux et les risques de tutelle régionale », Revue française de droit administratif, N° 4, 2017, p. 715
