Thèse
La rationalisation de l'organisation territoriale de la République.. Thèse soutenue en 2015 à Université de Bordeaux, sous la direction de Jean-François Brisson, membres du jury : Pascal Combeau [Président], Bertrand Faure [Rapporteur], Michel Verpeaux [Rapporteur] et Nicolas Kada.
Ouvrages
Mickaël Baubonne, Robert Carin et Anna Neyrat (dir.), Le contentieux universitaire et la modernité, Institut francophone pour la justice et la démocratie, 2019, Colloques & essais, 140 p. 
Mickaël Baubonne, Les instruments de la rationalisation de l'organisation territoriale décentralisée, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2018, Collectivités locales, 472 p.
Mickaël Baubonne, Les instruments juridiques de la rationalisation de l’organisation territoriale décentralisée, 2015, 509 p.
Mickaël Baubonne, La recomposition du territoire de la République : nécessité et faisabilité, [s.n.], 2009, 136 p.
Articles
Mickaël Baubonne, « Énergies renouvelables et protection du paysage : un fragile équilibre », Revue française de droit administratif, N° 5, 2023, p. 931 
Mickaël Baubonne, « Crise sanitaire et décentralisation », Le Journal des Accidents et des Catastrophes, 2020, p. NC
Mickaël Baubonne, « La matérialisation du risque de catastrophe sanitaire : le Premier ministre prend la main », Riseo : risques études et observations, 2020, p. NC
Mickaël Baubonne, « L’échec de la République à se séparer de la Nouvelle-Calédonie. Je t’aime... Moi non plus », Revue de la Recherche Juridique - Droit prospectif, 2020, p. NC
Mickaël Baubonne, « Sortie de l'état d'urgence sanitaire : déconfinement limité du ministre de la santé », Le Journal des Accidents et des Catastrophes, 2020, p. NC
Mickaël Baubonne, « Les risques de la participation des régions au choix de leur nom », Constitutions : Revue de droit constitutionnel appliqué, N° 4, 2018, p. 611
Voir plus
Mickaël Baubonne, « La retranscription imparfaite de l’urbanité par le droit institutionnel des collectivités territoriales », Droit et ville, N° 83, 2017, pp. 87-103
Mickaël Baubonne, « Les schémas régionaux et les risques de tutelle régionale », Revue française de droit administratif, N° 4, 2017, p. 715
Mickaël Baubonne, « Les obstacles à l'affirmation de l'Allemagne comme garante de la sécurité collective », Revue du droit public et de la science politique en France et à l'étranger, 2016, p. NC
Mickaël Baubonne, « Les ressorts de la valorisation optimale des ressources du domaine public. Brèves observations autour de pistes ouvertes par la jurisprudence administrative », Contrats et marchés publics, 2016, p. NC
Mickaël Baubonne, « Compétences des métropoles, vers quelles personnes publiques ? », in Florence LERIQUE (dir.), À l’heure de la métropolisation. Quels contours juridiques ?, L ' Harmattan, 2012, p. NC
Autre
Mickaël Baubonne, La question de la déontologie de l’universitaire est-elle appelée à se développer au contentieux ?, Le contentieux universitaire et la modernité, p. NC
