La rationalisation de l'organisation territoriale de la République., soutenue en 2015 à Bordeaux sous la direction de Jean-François Brisson, membres du jury : Bertrand Faure (Rapp.), Michel Verpeaux (Rapp.), Pascal Combeau, Bertrand Faure, Michel Verpeaux, Nicolas Kada et Pascal Combeau     

Mickaël Baubonne, Robert Carin, Anna Neyrat (dir.), Le contentieux universitaire et la modernité, Institut francophone pour la justice et la démocratie, 2019, Colloques & essais, 140 p.    

Mickaël Baubonne, Les instruments de la rationalisation de l'organisation territoriale décentralisée, Presses universitaires d'Aix-Marseille, 2018, Collection du Centre de recherches administratives, 472 p. 

Mickaël Baubonne, « Compétences des métropoles, vers quelles personnes publiques ? », in Florence LERIQUE (dir.), À l’heure de la métropolisation. Quels contours juridiques ?, L ' Harmattan, 2012   

Mickaël Baubonne, « Énergies renouvelables et protection du paysage : un fragile équilibre », Revue française de droit administratif, Sirey - Dalloz , 2023, n°05, p. 931     

Mickaël Baubonne, « L’échec de la République à se séparer de la Nouvelle-Calédonie.Je t’aime... Moi non plus », Revue de la Recherche Juridique - Droit prospectif, Presses Universitaires d'Aix-Marseille (PUAM) , 2020   

Mickaël Baubonne, « Sortie de l'état d'urgence sanitaire : déconfinement limité du ministre de la santé », Le Journal des Accidents et des Catastrophes, Centre Européen de recherche sur le Risque, le Droit des Accidents Collectifs et des Catastrophes — CERDACC, 2020   

Mickaël Baubonne, « La matérialisation du risque de catastrophe sanitaire : le Premier ministre prend la main », Riseo : risques études et observations, Centre Européen de recherche sur le Risque, le Droit des Accidents Collectifs et des Catastrophes (CERDACC), 2020   

Mickaël Baubonne, « Crise sanitaire et décentralisation », Le Journal des Accidents et des Catastrophes, Centre Européen de recherche sur le Risque, le Droit des Accidents Collectifs et des Catastrophes — CERDACC, 2020     

Mickaël Baubonne, « Les risques de la participation des régions au choix de leur nom », Constitutions : Revue de droit constitutionnel appliqué, Dalloz , 2018, n°04, p. 611   

Mickaël Baubonne, « La retranscription imparfaite de l’urbanité par le droit institutionnel des collectivités territoriales », Droit et ville, Institut des Études Juridiques de l'Urbanisme, de la Construction et de l'Environnement (IEJUC), 2017, n°83, pp. 87-103   

Mickaël Baubonne, « Les schémas régionaux et les risques de tutelle régionale », Revue française de droit administratif, Sirey - Dalloz , 2017, n°04, p. 715   

Mickaël Baubonne, « Les ressorts de la valorisation optimale des ressources du domaine public. Brèves observations autour de pistes ouvertes par la jurisprudence administrative », Contrats et marchés publics , Éditions du Juris-classeur , 2016   

Mickaël Baubonne, « Les obstacles à l'affirmation de l'Allemagne comme garante de la sécurité collective », Revue du droit public et de la science politique en France et à l'étranger, Chevalier-Marescq - V. Giard & E. Brière - M. Giard - LGDJ , 2016   

Mickaël Baubonne, La question de la déontologie de l’universitaire est-elle appelée à se développer au contentieux ?, 2019   

Mickaël Baubonne, « Métropolisation et grands espaces urbains », le 02 décembre 2021  

Mickaël Baubonne, « Accidents collectifs et catastrophes », le 21 mai 2021  

Mickaël Baubonne, « Le risque COVID-19 », le 13 mai 2020  

Mickaël Baubonne, « Le contentieux universitaire et la modernité », le 20 avril 2018 

Mickaël Baubonne, « L'autoconsommation d'électricité - Enjeux et perspectives pour le service public de l'électricité », le 07 décembre 2017