Thèse
La protection juridique des cours d'eau : contribution à une réflexion sur l'appréhension des objets complexes. Thèse soutenue en 2010 à Lyon 3, sous la direction de Jean Untermaier.
Ouvrages
Aude Farinetti (dir.), Continuités et discontinuités territoriales en droit public, Mare & Martin, 2019, Presses universitaires de Sceaux, 293 p. 
Aude Farinetti, La protection juridique des cours d'eau : contribution à une réflexion sur l'appréhension des objets complexes, Éditions Johanet, 2012, 1127 p.
Articles
Aude Farinetti, Laura Seguin, Sami Bouarfa, Cédric Chaumont, Jérémie D. Lebrun, Charles Bontoux, Baptiste Berthomé, Guillaume Letournel, Aude Arrighi, Laurence Guichard, Mathilde Bonifazzi, François Birmant, Laetitia Roger, Laurent Royer, Daniel Hureau, Charlène Pages, Jean-Emmanuel Rougier et Julien Tournebize, « PSDR4 Brie'Eau -Vers une nouvelle construction de paysage agricole et écologique sur le territoire de la Brie : associer qualité de l'eau et biodiversité », Innovations Agronomiques, 2022, pp. 137-149
Aude Farinetti, Gilles Ramstein, Jane Lecomte, Jean Paul Vanderlinden, Jean Christophe Bureau et Harold Levrel, « Système Terre, sociétés humaines et environnement », Enjeux de la transition écologique, EDP Sciences, 2021, p. 34
Aude Farinetti, « La justice dans le débat démocratique - La protection de la qualité de l'eau : des valeurs sociales aux valeurs chiffrées », Les Cahiers de la justice, N° 1, 2017, p. 143 
Aude Farinetti, « L'Agence française pour la biodiversité : fer de lance d'une nouvelle gouvernance de la biodiversité », Revue de droit immobilier. Urbanisme - construction, N° 11, 2016, p. 581
Aude Farinetti, « L'unification du contentieux des soins psychiatriques sans consentement par la loi du 5 juillet 2011 », RDSS. Revue de droit sanitaire et social, N° 1, 2012, p. 111
