Thèse
Conception et administration du territoire en France métropolitaine. Thèse soutenue en 1995 à Saint-Étienne, sous la direction de Henri Oberdorff.
Ouvrages
Nathalie Merley, Isabelle Sayn, Vanessa Perrocheau et Yann Favier (dir.), Les barèmes (et autres outils techniques d'aide à la décision) dans le fonctionnement de la justice : rapport final de recherche, Mission de recherche Droit & Justice, 2019, 2 vol. , p. 
Nathalie Merley (dir.), Université et laïcité : actes du colloque du 4 avril 2008, [Université de Saint-Étienne], Publications de l'Université de Saint-Étienne, 2011, Droit, 178 p.
Nathalie Merley (dir.), Où vont les routes ? : la décentralisation de la gestion du réseau routier, L'Harmattan, 2007, GRALE, 267 p.
Nathalie Merley, Conception et administration du territoire en France métropolitaine, Presses universitaires d'Aix-Marseille, Faculté de droit et de science politique, 1998, 710 p.
Nathalie Merley, Conception et administration du territoire en France métropolitaine, 1995, 595 p.
Articles
Nathalie Merley, « Le point de vue de l’administrativiste : la jurisprudence administrative facteur de fragilisation du droit de grève dans les services publics », in Florence Crouzatier-Durand, Nicolas Kada (dir.), Grève et droit public : 70 ans de reconnaissance, Toulouse, Presses de l’Université Toulouse 1 Capitole, N° 27, 2017, pp. 59-80
Nathalie Merley, « Les privatisations des aérodromes d'intérêt national ou international : jusqu'où et pour quelle régulation étatique ? », in Mamontoff C. (dir.), La réforme aéroportuaire de la loi du 13 août 2004 à l'épreuve des faits, Paris, L'Harmattan, 2011, pp. 67-82
Nathalie Merley, « Les batailles du syndicat des transports d'Ile-de-France », Actualité juridique Droit administratif, N° 25, 2009, pp. 1359-1364 
Nathalie Merley, « La réforme du système d'administration aéroportuaire : bilan et perspectives », Revue française de droit administratif, N° 6, 2009, pp. 1197-1202
Nathalie Merley, « La réforme du système d’administration aéroportuaire », Revue française de droit administratif, N° 6, 2009, pp. 1197-1202
Nathalie Merley et Sylvaine Laulom, « La fabrication du principe de faveur », Revue de droit du travail, N° 4, 2009, pp. 219-227
Voir plus
Nathalie Merley, « Intérêt public local et transferts de compétences aux collectivités territoriales », in Nicolas Kada (dir.), L'intérêt public local : regards croisés sur une notion juridique incertaine, Grenoble, Presses universitaires de Grenoble, 2009, pp. 113-123
Nathalie Merley, « Le recours contre la décentralisation des routes est rejeté », Actualité juridique Droit administratif, N° 30, 2007, pp. 1646-1651
Nathalie Merley, « La mise en oeuvre du transfert des routes nationales et des services des DDE », Actualité juridique Droit administratif, N° 15, 2006, pp. 805-811
Nathalie Merley, « La non-consécration par le Conseil constitutionnel de principes fondamentaux reconnus par les lois de la République », Revue française de droit administratif, N° 3, 2005, pp. 621-639
Autres
Nathalie Merley, Isabelle Sayn, Vanessa Perrocheau, Yann Favier, Marianne M. Cottin, Nathalie de Jong, Farida Khodri, Camille de Lajarte, Antoine Pelicand, Vincent Rivollier, Rachel Vanneuville et Djoheur Zerouki-Cottin, Les barèmes (et autres outils techniques d'aide à la décision) dans le fonctionnement de la justice, p. NC
Nathalie Merley, Pascale Deumier, Sylvaine Laulom et Eliette Rubi-Cavagna, Les principes fondamentaux dans la jurisprudence des juridictions suprêmes, p. 318 f
Nathalie Merley, Où vont les routes ?, Paris, L'Harmattan, p. NC
