Thèse
Étude de la méthode d'interprétation dite de l'effet utile en droit international public : contribution à la compréhension de l'idée juridictionnelle du droit. Thèse soutenue en 1987 à Nancy 2, sous la direction de Charles Chaumont.
Ouvrages
Jean-Denis Mouton et Yves Petit (dir.), Europe de l'Est et l'Union européenne : quelles perspectives ?, Bruylant, 2021, Collection de droit de l'Union européenne, 366 p. 
Jean-Denis Mouton et Péter Kovács (dir.), Le concept de citoyenneté en droit international, Brill/Nijhoff, 2018, Les livres de droit de l'Académie, 654 p.
Jean-Denis Mouton et Stéphane Pierré-Caps (dir.), Etats fragmentés, Presses universitaires de Nancy-Editions universitaires de Lorraine, 2012, Cap Europe, 377 p.
Jean-Denis Mouton et Jean-Christophe Barbato (dir.), Vers la reconnaissance de droits fondamentaux aux États membres de l'Union européenne ? : réflexions à partir des notions d'identité et de solidarité, Bruylant, 2010, Collection Droit de l'Union européenne, 332 p.
Jean-Denis Mouton et Christophe Soulard, La Cour de justice des Communautés européennes, Presses universitaires de France, 2004, 2e éd., Que sais-je ?, 127 p.
Jean-Denis Mouton (dir.), L'Union européenne en débat : visions d'Europe centrale et orientale [actes de colloque], Nancy, 10 et 11 avril 2003, Presses universitaires de Nancy, 2004, Cap Europe, 263 p.
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Jean-Denis Mouton et Christophe Soulard, Trybunał sprawiedliwości Wspólnot Europejskich, Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, 2000, 117 p.
Jean-Denis Mouton et Christophe Soulard, La Cour de justice des Communautés européennes, Presses universitaires de France, 1998, Que sais-je ?, 127 p.
Jean-Denis Mouton, Olivier Audéoud et Stéphane Pierré-Caps (dir.), L'État multinational et l'Europe, Presses Universitaires de Nancy, 1997, Collection Cap Europe, 220 p.
Jean-Denis Mouton et Torsten Stein (dir.), Vers une nouvelle constitution pour l'Union Européenne ? : la Conférence intergouvernementale de 1996 = Eine neue Verfassung für die Europäische Union ? die Regierungskonferenz 1996 ..., Bundesanzeiger, 1997, Schriftenreihe der Europäischen Rechtsakademie Trier, 193 p.
Jean-Denis Mouton, La citoyenneté de l'Union : passé, présent et avenir, Europa-Institut der Universität des Saarlandes, 1996, Vorträge, Reden und Berichte aus dem Europa-Institut
Jean-Denis Mouton et Jacques Vandamme (dir.), L'avenir de l'Union européenne : élargir et approfondir, Presses interuniversitaires européennes, 1995, Collection "La Cité Européenne", 223 p.
Jean-Denis Mouton, Étude de la méthode d'interprétation dite de l'effet utile en droit international public : contribution à la compréhension de l'idée juridictionnelle du droit, [Éditeur inconnu], 1987, 892 p.
Jean-Denis Mouton, Étude du régionalisme nationalitaire à partir du thème du "colonialisme intérieur", 1977, 137 p.
Articles
Jean-Denis Mouton, « L'identité, marqueur de la singularité de l'Union européenne », in Arthur Braun (coord.) (dir.), Mélanges en l'honneur de Stéphane Pierré-Caps : Constitution, Etats et peuples, L'Harmattan, 2024, pp. 207-222
Jean-Denis Mouton, « L'Etat membre de l'Union européenne entre respect de son identité constitutionnelle et promotion de l'identité européenne », in Yves Petit (dir.) (dir.), Europe de l'Est et l'Union européenne. Quelles perspectives ?, Bruylant, 2022, pp. 287-309
Jean-Denis Mouton, « Introduction. Etude : L'Union européenne, acteur des relations internationales », Annuaire français de relations internationales, 2020, p. 381
Jean-Denis Mouton, « Conclusions : Le Conseil de sécurité et le respect des droits de l'homme », Civitas Europa, N° 41, 2018, pp. 151-154
Jean-Denis Mouton, « Le Centre Européen Universitaire de Nancy, un pionnier », in Fabrice Larat, Michel Mangenot et Sylvain Schirmann (dir.) (dir.), Les études européennes. Genèses et institutionnalisation, L'Harmattan, 2018, pp. 363-377
Jean-Denis Mouton, Thibaut Fleury-Graff, Gaëlle Marti et Stephane Pierre-Caps, « Les Nations sans États. Un droit à l’État ? Avant-propos », Civitas Europa, 2017, pp. 5-7
Voir plus
Jean-Denis Mouton, « Les 50 ans de l'arrêt Costa : de la primauté absolue au dialogue des juges ? », Revue de l'Union européenne, N° 593, 2015, p. 649 
Jean-Denis Mouton et Batyah Sierpinski, « La pensée juridique de Charles Chaumont », Civitas Europa, N° 35, 2015, pp. 197 - 223
Jean-Denis Mouton, « Conclusions », in Jean-Christophe Barbato et Yves Petit (dir.) (dir.), L'Union européenne, une Fédération plurinationale en devenir ?, Bruylant, 2015, pp. 425-432
Jean-Denis Mouton, « Identité constitutionnelle et constitution européenne », in Frédérique Berrod, Jörg Gerkrath, Robert Kovar (dir.), Europe(s), droit(s) européen(s) : une passion d'universitaire : liber amicorum en l'honneur du professeur Vlad Constantinesco, Bruxelles, Bruylant, 2015, p. NC
Jean-Denis Mouton, « La question d’un Kurdistan indépendant : ou la variation des rapports entre les faits, la puissance et le droit », in Rafâa BEN ACHOUR (dir.), Études en l'honneur du professeur Rafâa Ben Achour, 2015, p. NC
Jean-Denis Mouton, « Réflexion comparative sur l’autonomie constitutionnelle dans l’ordre juridique international et dans l’ordre juridique de l’Union Européenne », in Jean-François Akandji-Kombé (dir.), L'homme dans la société internationale : mélanges en hommage au professeur Paul Tavernier, Bruxelles, Bruylant, 2013, p. NC
Jean-Denis Mouton, « L'état membre entre souveraineté et respect de son identité : quelle union européenne ? », Revue de l'Union européenne, N° 556, 2012, p. 204
Autres
Jean-Denis Mouton, Conclusion (à la publication des actes du colloque IRENEE : "A la recherche d'une confiance perdue. Les organisations internationales face aux tensions hégémoniques, déloyales et isolationnistes"), n° 45, Civitas Europa, pp. 393-936
Jean-Denis Mouton, L'État dans la mondialisation, Paris, Éd. Pedone, p. 527
