Thèse
Étude de la méthode d'interprétation dite de l'effet utile en droit international public : contribution à la compréhension de l'idée juridictionnelle du droit. Thèse soutenue en 1987 à Nancy 2, sous la direction de Charles Chaumont.
Ouvrages
Jean-Denis Mouton et Yves Petit (dir.), Europe de l'Est et l'Union européenne : Quelles perspectives ?, Éditions Bruylant, 2021, Collection de droit de l'Union européenne, 366 p. 
Jean-Denis Mouton et Péter Kovács (dir.), Le concept de citoyenneté en droit international, Brill/Nijhoff, 2018, Les livres de droit de l'Académie, 654 p.
Jean-Denis Mouton et Stéphane Pierré-Caps (dir.), Etats fragmentés, Presses universitaires de Nancy-Editions universitaires de Lorraine, 2012, Cap Europe, 377 p.
Jean-Denis Mouton et Jean-Christophe Barbato (dir.), Vers la reconnaissance de droits fondamentaux aux États membres de l'Union européenne ? : réflexions à partir des notions d'identité et de solidarité, Bruylant, 2010, Collection Droit de l'Union européenne, 332 p.
Jean-Denis Mouton et Christophe Soulard, La Cour de justice des Communautés européennes, Presses universitaires de France, 2004, 2e éd., Que sais-je ?, 127 p.
Jean-Denis Mouton (dir.), L'Union européenne en débat : visions d'Europe centrale et orientale [actes de colloque], Nancy, 10 et 11 avril 2003, Presses universitaires de Nancy, 2004, Cap Europe, 263 p.
Voir plus
Jean-Denis Mouton et Christophe Soulard, Trybunał sprawiedliwości Wspólnot Europejskich, Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, 2000, 117 p.
Jean-Denis Mouton et Christophe Soulard, La Cour de justice des Communautés européennes, Presses universitaires de France, 1998, Que sais-je ?, 127 p.
Jean-Denis Mouton, Olivier Audéoud et Stéphane Pierré-Caps (dir.), L'État multinational et l'Europe, Presses Universitaires de Nancy, 1997, Collection Cap Europe, 220 p.
Jean-Denis Mouton et Torsten Stein (dir.), Vers une nouvelle constitution pour l'Union Européenne ? : la Conférence intergouvernementale de 1996 = Eine neue Verfassung für die Europäische Union ? die Regierungskonferenz 1996 ..., Bundesanzeiger, 1997, Schriftenreihe der Europäischen Rechtsakademie Trier, 193 p.
Jean-Denis Mouton, La citoyenneté de l'Union : passé, présent et avenir, Europa-Institut der Universität des Saarlandes, 1996, Vorträge, Reden und Berichte aus dem Europa-Institut
Jean-Denis Mouton et Jacques Vandamme (dir.), L'avenir de l'Union européenne : élargir et approfondir, Presses interuniversitaires européennes, 1995, Collection "La Cité Européenne", 223 p.
Jean-Denis Mouton, Étude du régionalisme nationalitaire à partir du thème du "colonialisme intérieur", 1977, 137 p.
Articles
Jean-Denis Mouton, Thibaut Fleury-Graff, Gaëlle Marti et Stephane Pierre-Caps, « Les Nations sans États. Un droit à l’État ? Avant-propos », Civitas Europa, 2017, pp. 5-7
Jean-Denis Mouton, « Les 50 ans de l'arrêt Costa : de la primauté absolue au dialogue des juges ? », Revue de l'Union Européenne, N° 593, 2015, p. 649
Jean-Denis Mouton et Batyah Sierpinski, « La pensée juridique de Charles Chaumont », Civitas Europa, N° 35, 2015, pp. 197 - 223
Jean-Denis Mouton, « Identité constitutionnelle et constitution européenne », in Frédérique Berrod, Jörg Gerkrath, Robert Kovar (dir.), Europe(s), droit(s) européen(s) : une passion d'universitaire : liber amicorum en l'honneur du professeur Vlad Constantinesco, Bruxelles, Bruylant, 2015, p. NC
Jean-Denis Mouton, « La question d’un Kurdistan indépendant : ou la variation des rapports entre les faits, la puissance et le droit », in Rafâa BEN ACHOUR (dir.), Études en l'honneur du professeur Rafâa Ben Achour, 2015, p. NC
Jean-Denis Mouton, « Réflexion comparative sur l’autonomie constitutionnelle dans l’ordre juridique international et dans l’ordre juridique de l’Union Européenne », in Jean-François Akandji-Kombé (dir.), L'homme dans la société internationale : mélanges en hommage au professeur Paul Tavernier, Bruxelles, Bruylant, 2013, p. NC
