Ouvrage
Yves Duthen, LOGICIEL GRAPHIQUE DE BASE : PROPOSITION ET IMPLANTATION DE NOUVEAUX CONCEPTS, [s.n.], 1983, 173 p. 
Articles
Yves Duthen, Sylvain Cussat-Blanc, Jean Disset et Stéphane Sanchez, « Artificial gene regulatory networks for agent control », Evolutionary Computation in Gene Regulatory Network Research, Evolutionary Computation in Gene Regulatory Network Research, wiley, 2016
Yves Duthen, Nesrine Ouannes, Noureddine Djedi et Hervé Luga, « Modeling a bacterial ecosystem through chemotaxis simulation of a single cell », Artificial Life and Robotics, Springer Japan, N° 4, 2014
Yves Duthen, Nesrine Ouannes, Noureddine Djedi et Hervé Luga, « Following food sources by artificial creatures in a virtual ecosystem », Virtual Words - (ISBN ), VIRTUAL WORLDS - Artificial Ecosystems and Digital Art Exploration (ISBN 979-10-91245-06-7), Science ebook, 2014
Yves Duthen, Sylvain Cussat-Blanc et Hervé Luga, « Modélisation et conception de créatures artificielles », Modéliser et simuler Tome 1, vol. 2, Modéliser et simuler, Editions Matériologiques, 2013
Yves Duthen, Sylvain Cussat-Blanc, Jonathan Pascalie, Sebastien Mazac et Hervé Luga, « A Synthesis of the Cell2Organ Developmental Model », Morphogenetic Engineering, Morphogenetic Engineering, Springer, 2012
Yves Duthen, Hervé Luga, Nicolas Lassabe, Sylvain Cussat-Blanc, Thomas Breton et Jonathan Pascalie, « An introduction to the Bio-Logic of Artificial Creatures », Intelligent Computer Graphics 2010, Intelligent Computer Graphics, Springer, 2011, Studies in Computational Intelligence
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Yves Duthen, Nesrine Ouannes, Noureddine Djedi et Hervé Luga, « Gait Evolution for Humanoid Robot in a Physically Simulated Environment », Intelligent Computer Graphics 2011, Intelligent Computer Graphics 2011, Springer, 2011, Studies in Computational Intelligence
Yves Duthen, David Panzoli, Sara De Freitas et Hervé Luga, « The Cortexionist architecture : behavioural intelligence of artificial creatures », The Visual Computer, Springer, N° 5, 2010
Yves Duthen, David Panzoli, Sara De Freitas et Hervé Luga, « The Cortexionist architecture: behavioural intelligence of artificial creatures », The Visual Computer, Springer-Verlag, N° 5, 2010
Yves Duthen, Foudil Cherif, Djedi Noureddine et Cédric Sanza, « Path finding and Collision Avoidance in Crowd Simulation », Journal of Computing and Information Technology, 2009
Yves Duthen et Arturo Chavoya Pena, « A Cell Pattern Generation Model Based on an Extended Artficial Regulatory Network », Bio Systems, Elsevier, 2008
Yves Duthen, Nicolas Lassabe et Hervé Luga, « New skills for Evolving Artificial Creatures », International Journal of Information Technology and Intelligent Computing, Acad. of Humanities and Economics, 2008
Yves Duthen, Sandrine Coelho, Christine Thomas-Agnan et Nicolas Lassabe, « La plate-forme DYNASPAT : Les Dynamiques Spatiales », Revue des Nouvelles Technologies de l’Information, Cepaduès, 2006
Yves Duthen, Cédric Sanza et Olivier Heguy, « Entités autonomes à base de LCS dans des environnements virtuels : Etat de l’art et exemples d’applications », ECA, 2001
Autres
Yves Duthen, Jean Disset, Dennis Wilson, Sylvain Cussat-Blanc, Stéphane Sanchez et Hervé Luga, A Comparison of Genetic Regulatory Network Dynamics and Encoding, ACM
Yves Duthen, Angela Bovo, Stéphane Sanchez et Olivier Heguy, Analysis of students clustering results based on Moodle log data, Academy Publisher
Yves Duthen, Angela Bovo, Stéphane Sanchez et Olivier Heguy, Clustering Moodle data as a tool for profiling students, IEEE
Yves Duthen, Tarek Ababsa, Noureddine Djedi et Sylvain Cussat-Blanc, Decentralized Approach to Evolve the Structure of Metamorphic Robots, IEEE
Yves Duthen, Jean Disset et Sylvain Cussat-Blanc, Evolved Developmental Strategies of Artificial Multicellular Organisms, MIT Press
Yves Duthen, Rima Hiouani, Nesrine Ouannes, Noureddine Djedi et Sylvain Cussat-Blanc, Intelligent cell using on-line GRN policy enzyme, MIT Press
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Yves Duthen, Angela Bovo, Stéphane Sanchez et Olivier Heguy, L'apprentissage automatique comme base du suivi d'élèves et de l'amélioration de formations, HAL-INRIA
Yves Duthen, Nesrine Ouannes, Noureddine Djedi et Hervé Luga, Modeling a bacterial ecosystem through chemotaxis simulation of a single cell, Springer Japan
Yves Duthen, Nesrine Ouannes, Noureddine Djedi et Hervé Luga, Modeling bacterial chemotaxis inside a cell, IEEE
Yves Duthen, Jean Disset et Sylvain Cussat-Blanc, Self-organization of Symbiotic Multicellular Structures, The MIT Press
Yves Duthen, Tarek Ababsa, Noureddine Djedi et Sylvain Cussat-Blanc, Splittable metamorphic carrier robots, The MIT Press
