Thèse
Une Europe improbable : les hauts fonctionnaires français dans la construction européenne, 1948-1992. Thèse soutenue en 2000 à Université Robert Schuman (Strasbourg) (1971-2008), sous la direction de Brigitte Gaïti.
Ouvrages
Michel Mangenot, Qui gouverne l'Union européenne ? : chroniques 2014-2020, La Documentation française, 2020, 161 p. 
Michel Mangenot, Fabrice Larat et Sylvain Schirmann (dir.), Les études européennes : genèses et institutionnalisation, L'Harmattan, 2018, FARE. Cahiers, N° spécial., 661 p.
Michel Mangenot, Véronique Charléty, François Lafarge, Christian Mestre et Sylvain Schirmann (dir.), Dictionnaire encyclopédique de la gouvernance européenne, Larcier, 2017, Dictionnaires Larcier, 354 p.
Michel Mangenot (dir.), Coordonner les affaires européennes, ENA, 2016, 651 p.
Michel Mangenot et Sylvain Schirmann (dir.), Les institutions européennes font leur histoire : regards croisés soixante ans après le traité de Paris, P. Lang, 2012, 274 p.
Michel Mangenot et Véronique Charléty (dir.), Le système présidentiel de l'Union européenne après Lisbonne, École nationale d'administration, 2011, Professionnels de l'Europe, 246 p.
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Michel Mangenot et Ana-Mar Fernández Pasarín (dir.), Présider l'Union européenne : Présidence(s) du Conseil et système de gouvernement, l'Harmattan, 2011, 216 p.
Michel Mangenot et Jay Rowell (dir.), A political sociology of the European Union : reassessing constructivism, Manchester university press, 2010, Europe in change, 270 p.
Michel Mangenot (dir.), Administrations publiques et services d' intêret général : quelle européanisation ?, Institut européen d'administration publique, 2005, 200 p.
Michel Mangenot, Hélène Michel et Natacha Paris, Une Europe de la justice : mobilisations contre la "criminalité organisée" et institutionnalisation d'un espace judiciaire pénal européen, 1996-2001, Mission de recherche droit et justice, 2005, Arrêt sur recherches, 109 p.
Michel Mangenot et Robert Polet, Dialogue social européen et fonction publique : une européanisation sans les Etats ?, Institut européen d'administration publique=European institute of public administration, 2004, 161 p.
Michel Mangenot, Hélène Michel et Natacha Paris-Ficarelli, Mobilisations contre la "criminalité organisée" et institutionnalisation d'un espace judiciaire pénal européen, 1996-2001 : recherche réalisée avec le soutien du GIP Mission de recherche droit et justice rapport mai 2004, GSPE, 2004, 165 p.
Articles
Michel Mangenot, Jean-Marc Ferry, Véronique Charléty, François Lafarge, Christian Mestre, Sylvain Schirmann et Préface de Frans Timmermans, « Postface : Au nom de la solidarité, au nom de la responsabilité! Pour un concept normatif de la « gouvernance européenne », in Dictionnaire Larcier (dir.), Dictionnaire encyclopédique de la gouvernance européenne, Bruxelles, 2018, pp. 345-349
Michel Mangenot, « Chronique d’administration européenne III. Personnels des institutions de l’Union et des affaires européennes en France », Revue française d'administration publique, N° 161, 2017, p. NC
Michel Mangenot, Gilles Lepesant, Véronique Charléty, François Lafarge, Christian Mestre et Sylvain Schirmann, « Frontières externes de l’UE », Dictionnaire encyclopédique de la gouvernance européenne, Larcier, 2017, p. NC
Michel Mangenot et Frédéric Mérand, « Les acteurs des institutions européennes », Études européennes - Traité de science politique, O. Costa, F. Mérand (dirs.), Bruxelles, Larcier, 2017, pp. 95-140
Michel Mangenot, « D'où vient la fonction publique communautaire ? Les origines d'un modèle (1952-1968) », in ENA/CEES (dir.), La fonction publique européenne, ENA/CEES, 2008, pp. PP 23-32
Michel Mangenot, « Européanisations et transformation de la définition de fonctionnaire », The European Dimension of Administrative Culture, Nomos-Verlag, 2008, pp. 296-308
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Michel Mangenot, « Jeux européens et innovation institutionnelle : les logiques de création d'Eurojust (1996-2004) », Cultures & conflits, N° 2, 2006, pp. 43-62
Michel Mangenot, « Le Conseil d'Etat et l'Europe. Conditions et effets d'un ralliement. », in Philippe Raimbault (dir.), La puissance publique à l'heure européenne, Dalloz, 2006, pp. 173-190
Michel Mangenot, « The Conseil d'Etat and Europe : adapting the French administrative state. », in Helen Drake (dir.), French Relations with the European Union, Routledge, 2005, pp. 86-104
Michel Mangenot, « Des eurocrates si proches des élites étatiques : l'encadrement du Secrétariat général du Conseil », Regards Sociologiques, N° 27, 2004, pp. 34-44
Michel Mangenot, « Le référendum de Maastricht et la "théorie" des deux France : note sur la construction sociale des commentaires médiatiques sur l'Europe », Regards Sociologiques, N° 27, 2004, pp. 131-137
Michel Mangenot, « Une "Chancellerie du Prince". Le Secrétariat général du Conseil dans le processus de décision bruxellois », Politique européenne, N° 11, 2003, pp. 123-142
Michel Mangenot, « La revendication d'une paternité. Les hauts fonctionnaires français et le "style" administratif de la Commission européenne », Pôle Sud, N° 15, 2001, pp. 33-46
Michel Mangenot, « Une école européenne d'administration ? L'improbable conversion de l'ENA à l'Europe », Politix, N° 43, 1998, pp. 7-32
Autres
Michel Mangenot et Jean-Pascal Daloz, Elites, Dictionnaire encyclopédique de la gouvernance européenne, p. NC
Michel Mangenot, Le Conseil d'Etat et l'institutionnalisation du système juridique communautaire, p. NC
Michel Mangenot, Le Secrétariat général du Conseil, acteur de la politique extérieure de l'Union européenne, p. NC
Michel Mangenot, Le règne des entourages. Cabinets et conseillers de l'exécutif., p. NC
