Thèse

Paul Bert et l'instruction publique. Thèse soutenue en 1996 à Dijon, sous la direction de Jean Bart.

Ouvrages

Stéphane Kotovtchikhine, Jean-Paul Pancracio et Alain Wijffels (dir.), Les acteurs de la guerre : actes du colloque international, 12 et 13 mars 2009, Dijon, Centre Georges Chevrier, 2010, 296 p.

Stéphane Kotovtchikhine, Paul Bert et l'instruction publique, Éditions universitaires de Dijon, 2000, Publications de l'Université de Bourgogne, 501 p.

Stéphane Kotovtchikhine, Paul Bert et l'instruction publique, 1996, 485 p.

Stéphane Kotovtchikhine, Le fait majoritaire sous la Ve République, 1993, 103 p.

Stéphane Kotovtchikhine, Etude du cartulaire de l'évêché d'Auxerre 13e siècle, 1991, 2 vol. , p.

Articles

Stéphane Kotovtchikhine, « Introduction des deux thèmes du Forum des travaux des auditeurs 2006 », Défense, N° 128, 2007, p. 36 

Stéphane Kotovtchikhine, « La société de crédit mutuel agricole de Pouilly-en-Auxois (1896-1926) », Mémoires de la Société pour l'Histoire du Droit et des Institutions des anciens pays bourguignons, comtois et romands,, 2006, pp. 269-300 

Stéphane Kotovtchikhine, « L'action juridique face aux groupements d'extrême-droite à la fin de la IIIe République », in Presses universitaires du Septentrion (dir.), Le Front national et le Droit, Presses universitaires du Septentrion, 2001, pp. 19-38 

Stéphane Kotovtchikhine, « La réformation de la coutume d'Auxerre : histoire externe », Mémoires de la Société pour l'Histoire du Droit et des Institutions des anciens pays bourguignons, comtois et romands,, 1999, pp. 23-62 

Stéphane Kotovtchikhine, « Foires et marchés à Auxerre aux XIIe et XIIIe siècles », Mémoires de la Société pour l'Histoire du Droit et des Institutions des anciens pays bourguignons, comtois et romands,, 1998, pp. 83-109