Thèse
Eurojust et le mandat d'arrêt européen : l'européanisation du pouvoir judiciaire : genèse, luttes et enjeux de la construction de deux dispositifs de coopération pénale. Thèse soutenue en 2007 à Paris, Institut d'études politiques, sous la direction de Renaud Dehousse.
Ouvrages
Antoine Mégie, Didier Bigo, Laurent Bonnefoy, Mathias Delori, Anastassia Tsoukala, Christophe Wasinski, Clara Egger, Raul Magni Berton, Simon Varaine, Bruno Charbonneau, Marielle Debos, Jean-Paul Hanon, Christian Olsson, Emmanuel-Pierre Guittet et Sharon Weill, Guerre et contre-terrorisme, L'Harmattan, 2022, 220 p. 
Antoine Mégie, Milena Jakšić, Nicolas Fischer, Lisa Carayon, Sabrina Melenotte, Dorothée Delacroix et Thomas Richard, Les morts encombrants : du gouvernement politique des cadavres, L'Harmattan, 2021, 127 p.
Antoine Mégie, Charlotte Piret et Florence Sturm, Chroniques d'un procès du terrorisme : l'affaire Merah, La Martinière, 2019, 159 p.
Antoine Mégie et Antoine Vauchez (dir.), Crise, crises et crisologie européenne, l'Harmattan, 2014, 207 p.
Antoine Mégie et Frédéric Mérand (dir.), L'Union européenne et le nouvel équilibre des puissances, l'Harmattan, 2013, 207 p.
Antoine Mégie, Eurojust et le mandat d'arrêt européen : l'européanisation du pouvoir judiciaire genèse, luttes et enjeux de la construction de deux dispositifs de coopération pénale, [s.n.], 2007, 402 p.
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Antoine Mégie, Vers un espace judiciaire européen : Logiques et enjeux de la construction d'Eurojust, unité européenne de coopération judiciaire, [l'auteur], 2001, 155 p.
Articles
Antoine Mégie, « « C’est ouvert au public ces procès ? », les secrets d’une scène d’audience au prisme de la lutte contre le terrorisme », Rue Descartes, N° 2, 2020, pp. 64-80
Antoine Mégie, « « Le contentieux judiciaire antiterroriste depuis 2015 : « massification », spécialisation et politisation » », Romain Sèze (dir), Les États européens face aux militantismes violents, ed. ANR Vioramil, 2019, 2019, p. NC
Antoine Mégie, « « Les pouvoirs judiciaires dans les régimes antiterroristes contemporains » », François Blanc et Pierre Bourdon (dir.), L’Etat et le terrorisme, éditions de la Sorbonne., 2018, p. NC
Antoine Mégie et Jeanne Pawella, « Juger dans le contexte de la "guerre contre le terrorisme" : Les procès correctionnels des filières djihadistes », Les Cahiers de la justice, N° 2, 2017, p. NC 
Antoine Mégie, « Les procès correctionnels des filières djihadistes - Juger dans le contexte de la « guerre contre le terrorisme » », Les Cahiers de la justice, N° 2, 2017, p. 235
Antoine Mégie, « « Displacing and Replacing the Criminal Law within the European Space » », Ron Levy and Mikkel Jarle Christensen (eds.), International practices of criminal law: Social and legal perspectives, Routledge, 2017, 2017, p. NC
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Antoine Mégie et Jeanne Pawella, « De la judiciarisation du renseignement : le cas des procès de djihadiste », Hermès, La Revue - Cognition, communication, politique, 2016, p. NC
Antoine Mégie, « Eurojust in action: an institutionalisation of European Legal Culture? », in Renaud Colson, Stewart Field (dir.) (dir.), EU Criminal Justice and the Challenges of Legal Diversity, Cambridge University Press, 2016, pp. 87-105
Antoine Mégie, « L’UE face aux crises migratoires », in Santander Sébastian (dir.) (dir.), Concurrences régionales dans un monde multipolaire, Bruxelles, Peter Lang, 2016, pp. 173-186
Antoine Mégie, Céline Belot et Sabine Saurugger, « Pourquoi continuer "Politique européenne" ? », Politique européenne, N° 50, 2015, pp. 18-37
Antoine Mégie, « The origin of EU authority in criminal matters: a sociology of legal experts in European policy-making », Journal of European Public Policy, N° 2, 2013, pp. 230 - 247
Antoine Mégie, « Vers la construction d'une expertise européenne en matière de coopération pénale ? Spécialisation et légitimation des professionnels de la coopération judiciaire. », Droit et Société : Revue internationale de théorie du droit et de sociologie juridique, N° 74, 2010, pp. 129-150
Antoine Mégie, « La " scène terroriste " : réflexions théoriques autour de l'" ancien " et du " nouveau " terrorisme. », Canadian Journal of Political Science / Revue canadienne de science politique, N° 4, 2010, pp. 983-1003
Antoine Mégie, « La fabrication des normes antiterroristes post-11 septembre en Amérique du Nord et en Europe », Champ Pénal, 2010, pp. 1-20
Antoine Mégie, Amandine Scherrer et Valsamis Mitsilegas, « « Les organisations criminelles transnationales et le rôle de l’Europe dans le combat contre les mafias », Cultures et Conflits, n°74, 2009, p 91-110. », Cultures & conflits, 2009, p. NC
Antoine Mégie, « La lutte antiterroriste et les libertés publiques : les ambigüités européennes. », Questions internationales, 2008, p. NC
Antoine Mégie, « L'institutionnalisation d'un pouvoir judiciaire européen incertain en quête de légitimité : l'unité de coopération Eurojust. », Politique européenne, 2007, pp. 57-75
Antoine Mégie, « Généalogie du champ de la coopération judiciaire européenne », Cultures & conflits, N° 62, 2006, pp. 11-41
Antoine Mégie, « « Le 11 septembre : élément accélérateur de la coopération judiciaire européenne ? », Les Cahiers de la Sécurité Intérieure, n°55, premier trimestre 2004, p 91-120. », Les cahiers de la Sécurité Intérieure, 2004, p. NC
Autre
Antoine Mégie, Collective expertise on Terrorism in Europe, INHESJ - Commission européenne, Paris, septembre 2006., p. NC
